ZOOM Lite

Sự miêu tả

ZOOM Lite là phần mềm trực quan hóa và lập bản đồ dữ liệu trình tự thế hệ tiếp theo. Người dùng nhập hệ gen tham chiếu và đoạn ngắn Illumina/Solexa đọc tệp hoặc không gian màu AB SOLiD đọc tệp ở các định dạng khác nhau, chẳng hạn như * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta, v.v. ZOOM xuất kết quả ánh xạ của các đoạn ngắn này đọc trên chuỗi tham chiếu. ZOOM Lite có nhân ánh xạ nhanh và chính xác dựa trên lý thuyết nhiều hạt cách nhau mới được thiết kế. Có thể xử lý cả đọc một đầu và một đầu ghép nối có độ dài khác nhau từ 15bp đến 240bp. Cho phép bất kỳ số lượng không khớp nào và một lần chèn/xóa các độ dài khác nhau giữa vùng đọc và vùng đích của nó trên chuỗi tham chiếu. Các kết quả được ánh xạ duy nhất hoặc kết quả tốt nhất (N trên cùng) cho mỗi lần đọc sẽ được báo cáo theo sự không khớp và độ dài indel tối thiểu. Điểm chất lượng được sử dụng để nâng cao độ chính xác của ánh xạ. Dựa trên hạt nhân ánh xạ, ZOOM Lite cho phép người dùng tải dữ liệu đọc cục bộ và dữ liệu trình tự tham chiếu, chọn thông số thích hợp, xử lý dữ liệu khối lượng lớn song song giữa tối đa bốn CPU, theo dõi các tác vụ đang chạy, lưu trữ kết quả ánh xạ, xem biểu đồ của kết quả ánh xạ và kết quả ánh xạ đầu ra ở định dạng tệp * .BED hoặc * .GFF để khảo sát thêm với thông tin theo dõi trình duyệt UCSC. Kết quả lập bản đồ có thể được xem ở bất kỳ tỷ lệ mong muốn nào, từ biểu đồ độ sâu đọc trên toàn bộ nhiễm sắc thể đến sự sắp xếp trình tự chi tiết giữa lần đọc và trình tự tham chiếu. Người dùng dễ dàng điều hướng đến các khu vực quan tâm chỉ bằng cách nhấp và kéo hoặc cuộn. ZOOM Lite là một dẫn xuất của phần mềm ZOOM Studio.