RAPTOR

Sự miêu tả

RAPTOR là một phần mềm sáng tạo được thiết kế để dự đoán cấu trúc protein chính xác. Nó kết hợp các công cụ phân tích nâng cao trong một giải pháp phần mềm tích hợp và cung cấp ba phương pháp phân luồng khác nhau. Phương pháp tối ưu hóa lập trình số nguyên độc đáo của RAPTOR là hiệu quả nhất để tìm các mẫu cấu trúc của các mục tiêu có độ tương đồng trình tự thấp và có thể tạo ra các mô hình chất lượng cao. Giao diện dễ sử dụng và giá trị E dễ hiểu là lý tưởng cho người mới bắt đầu và chuyên gia. Hơn hết, màn hình hiển thị trực quan của đầu ra cho phép người dùng hiểu kết quả một cách đơn giản trong nháy mắt. Với một trình tự protein đích, nếu có một protein tương đồng với cấu trúc 3D đã biết, nó có thể được tìm thấy bằng cách sử dụng các công cụ tìm kiếm trình tự như PSI-BLAST, cũng được cung cấp trong RAPTOR. Cấu trúc của mục tiêu sau đó được xây dựng từ cấu trúc đã biết; tuy nhiên, khi sự tương đồng của trình tự không có ý nghĩa, tức là dưới 25%, PSI-BLAST không thể đưa ra một cú đánh đáng tin cậy. Không giống như PSI-BLAST, chỉ đơn giản thực hiện tìm kiếm trình tự, phân luồng protein, nhận dạng nếp gấp, sử dụng cả thông tin tương đồng và cấu trúc. Nó quét chuỗi protein có cấu trúc chưa biết dựa trên cơ sở dữ liệu về cấu trúc đã biết. Bằng cách sử dụng chức năng cho điểm và tiến hành phân tích tính tương thích giữa các cấu trúc ba chiều và trình tự protein tuyến tính, mẫu cấu trúc tốt nhất sẽ được xác định để từ đó xây dựng cấu trúc của trình tự. Kết quả là, phân luồng protein đưa ra dự đoán tốt hơn so với mô hình tương đồng khi có tương đồng trình tự biên.