FlexS

Sự miêu tả

FlexS dự đoán cấu trúc và định hướng của một trong các phối tử so với phối tử còn lại. Trong FlexS, phối tử tham chiếu được giả định là cứng, do đó, nó phải được đưa ra trong một cấu trúc tương tự như trạng thái bị ràng buộc. Thuật toán chồng chất trong FlexS chỉ cần ít can thiệp thủ công. Bạn có thể tích hợp kiến ​​thức này vào các tính toán với FlexS bằng cách thực hiện các bước đơn theo cách thủ công. Do đó, FlexS được thiết kế cho công việc tương tác trên các cặp phối tử cũng như để sàng lọc ảo dựa trên phối tử. Hai ứng dụng chính của FlexS là siêu định vị phối tử (ví dụ: cho CoMFA/QSAR) và sàng lọc ảo. Nếu bạn có một protein và một phân tử nhỏ liên kết với nó (được gọi là phối tử tham chiếu) nhưng không có cấu trúc của protein, bạn có thể lấy cấu trúc tham chiếu làm dấu vân tay âm tính của vị trí hoạt động. FlexS xác định sự giống nhau giữa bài kiểm tra và cấu trúc tham chiếu bằng cách căn chỉnh chúng. Trong sàng lọc ảo, bạn có một phối tử tham chiếu và một tập hợp các hợp chất và bạn quan tâm đến việc ưu tiên các hợp chất để kiểm tra thực nghiệm.